Το σπήλαιο άρχισε να σχηματίζεται πριν από εκατοντάδες χιλιάδες χρόνια. Οι σταλακτίτες και οι σταλαγμίτες που σήμερα βρίσκονται κάτω από το νερό σχηματίστηκαν όταν η επιφάνεια της θάλασσας βρισκόταν πολύ χαμηλότερα από το σημερινό της επίπεδο. Έχουν βρεθεί σταλακτίτες σε βάθος 71 μέτρων. Το μέγιστο βάθος του Σπηλαίου έχει εντοπιστεί εκτός της τουριστικής διαδρομής και φτάνει τα 80 μέτρα.